配偶者の親からの住宅資金援助　贈与税について

私がローンを組む予定ですが私は直系尊属ではないので、妻が親から援助を受けた場合、贈与税の対象になるのでしょうか？

→住宅の所有者が貴方単独であれば、奥様のご両親から貴方に贈与されたことになるので贈与税の対象です。
奥様が贈与を受けて住宅の取得費用の支払いに充て、500万円に相当する持分を奥様が取得すれば住宅取得等資金の贈与の特例の対象です。
住宅取得等資金贈与の特例は以下をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4508.htm

なお、妻は今年、非課税枠の100万円も受け取っています

→贈与を受けた人（受贈者）が、500万円は貴方でこれが奥様であれば関係ありません。
上記の500万円も奥様が贈与を受けるのであれば、住宅取得等資金贈与と暦年贈与は別モノで、奥様に贈与税はかかりません。

また、私達は結婚20年以上なので結婚前の妻の預金は配偶者控除の対象になりますか？

→おしどり贈与のことと思いますが、居住用不動産の取得のための奥様から貴方への贈与であれば配偶者控除の対象です。
以下をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/zoyo/4452.htm

とても丁寧でわかりやすい回答をしていただき
ありがとうございました