交通費と売上合算で入金の際の仕訳について

回答します。
あなたのお考えのとおりです。
なお、交通費が発生した場合には経費に計上できます。

立替払いの経費であれば以下のように仕訳を計上します。
①立替したとき
立替金ｘｘ/現金ｘｘ
②入金時
普通預金ｘｘ/立替金ｘｘ

ありがとうございます。
交通費の実費請求ではないので立て替えを使うと金額が合わなくなります。
売上に載せてしまうしか方法はないのでしょうか

元請けに対するあなたの請求に、元請けが交通費を加算して支払っているなら、収入に計上します。
立替金はあなたが交通費を使用したので、実費弁償として元請けが支払うものであり、その場合は収入も経費も同額となり、どちらも損益計算に影響しません。
元請けが交通費の実費負担に関係なく、交通費を加算しているなら、収入に計上し、あなたが実際に支払った交通費を経費に計上してください。

売掛金／売上
普通預金／売掛金
交通費／現金
といった仕訳になるということですね！
とてもわかりやすくありがとうございます。