立替金の残高が赤字になってしまいます

立替金がマイナスになるということは、請求より多くもらっていることになります。
例えば、１，０００円が出張のためにかかり、相手に請求したら１，１００円が入金されたらマイナスになります。
マイナスになった、１００円は、相手に返金するのか、原因と共にその処理について追及する必要があると思います。

もし、出張には諸雑費もかかるので、若干、かかった経費より多く支払う契約があるならば、それは立替金ではなく、全額を収入として計上し、かかった経費は必要経費にすべきだと思います。

いずれにせよ、原因を調べる必要があると思います。

回答ありがとうございます。
やはりマイナスのままではおかしいですね。
立替金は同額しかもらっていません。

売上を請求するときに

借方　　　　　　　　貸方
立替金　　○○円　　　未払金　　○○円

を追加すればよいのでしょうか。

計上していない立替金を、もらったからと立替金を貸方で処理すればマイナスになりますね。相談者様の仕訳を見ると、貸方現金等でなく未払金ですが、立替金は後払いということでしょうか。そうであれば、そうなりますね。

本来は、売上請求時ではなく、行為があったとき、例えばホテルに宿泊したときなどに計上すべきかと思います。