税務調査が来るのですが、資料が残っていません。どうすればいいでしょう？

アドバイスできるとしたら以下の事です。
・預金通帳の代わりに、銀行で過去5年間の入出金履歴を入手してください。
・税務署には申告後、請求書・領収書関係はすべて破棄してしまった旨を正直に話してください。事業主様の記憶をもとに税務調査対応をするしかないと思います。
・過去の経緯がまったくわからないので、税務調査の対応を引き受けてくれる税理士はおそらくいないと思います。

申告されていた年収600万円、所得128万円が事実であれば、現在残っている或いは再発行して貰える書類を整えて、申告した金額が事実であることを主張するしかないと思います。
領収書のない仕入や経費を調査官は否認してくるかもしれませんので、支払い先を明確に答えられるよう、今から認準備しておくことが大切です。
税理士の立ち会いがない場合には、調査官は自分に都合の良い考えや処理を言ってきますので、できれば税務調査に慣れた税理士に立ち会いをお願いされた方が宜しいと思います。

さっそくのアドバイスありがとうございます。
重ねての質問で恐縮ですが、下記についてもお願いできれば幸いです。
Ｑ１．「領収書等を処分してしまった＝悪意で脱税しようとした（重加算税の対象）」ということになってしまうのでしょうか？
恐らく、再発行してもらえる書類は金融機関の出入金記録くらいしかないと思います。
Ｑ２．「経費等を証明できる書類がない＝経費ゼロ」とされてしまうのでしょうか？
支払先・購入先は殆ど覚えていないと思います・・・。
Ｑ３．所得が年６００万円とみなされてしまった場合、税金はいくらくらい納付しなければならないのでしょうか？
３年分では済まず、５年あるいは７年遡られてしまうのでしょうか？
Ｑ４．①健康保険・年金保険も遡って扶養から外れ、保険料を徴収されることになってしまうのでしょうか？
②追徴が発生した時点で扶養から外れ、保険料を納めればよいのでしょうか？
Ｑ５．Ｑ４①の場合、遡って納めなければならない保険料は、修正申告の時、経費として計上できるのでしょうか？
たくさんすみません。
よろしくお願いいたします。

ご連絡ありがとうございます。
1.重加算税の要件である隠蔽行為の中に「書類の廃棄・隠匿」が含まれてますので、内容と状況によっては重加算税の話に展開することも考えられます。
2.領収書がないから全て経費とならない訳ではありません。しかし、支払い先も説明できないとなると経費とするのは難しくなります。
3.白色申告者で全く資料が保存されていない場合には、税務署は推計課税をしてくるかもしれません。推計課税とは納税者の財産の増減の状況や所得控除の内容、生活費などを総合的に斟酌して所得金額を推計して課税するものです。その場合には当然売上のほかに仕入や経費も推計しますので、売上金額にまともに税金を掛けてくることはありません。しかし、この辺りは調査官との交渉になります。従って、交渉力と判断力のある専門家に立ち会って貰うことが望ましいと言えます(もちろん、それだけの費用は生じます)。
また、本件に関しては調査期間は3年でなく5年に伸びると思われます。万一、不正な行為が認められた場合には7年に伸びることも考えられます。
4.調査の結果、修正申告書を提出しますと、住民税や健康保険料の計算に反映されますので、後日、それらの修正の通知が送られてくると思います。
5.健康保険料は支払った年で所得控除になるものですので、修正申告で控除することはできないと考えます。
以上、ご参考になれば幸いです。

重ねてのご回答、ありがとうございます。
やはり、５年（最悪７年）を覚悟しておかなければならないということなのですね。
できる限り、資料を揃えるように話したいと思います。
また質問で恐縮なのですが、お教えください。
Ｑ１．手元に作業服や工具類・資材の残りなどがある場合、ＷＥＢサイトなどで価格を調べて、
・作業服は年１回買い替えている。
・工具については物にもよるが、２～３年に１度は間違いなく買い替えている。
・資材はこの規模のこういう作業だと、こういうものをこのくらい使うので、発注額がこのくらいだと、大体〇〇％程度が材料費になる。
というようなことを示すことで、おおまかな経費の根拠として認めてもらえる可能性はあるでしょうか？（支払時期が示せないので、支払の根拠にはならないでしょうが、経費として挙げた金額の根拠にもならないでしょうか？）
Ｑ２．私名義の持ち家（ローン支払い中）の１室を事務所として使用していますが、家賃や水道光熱費を経費として按分計上することはできるのでしょうか？
これらの金額は、私名義の通帳から口座引き落としになっているので、私の通帳で支払年月日も金額も証明できます。
寒冷時期の灯油代は夫名義のクレジットカードで支払っているはずなので、こちらも金融機関の出入金記録を取れば、支払年月日や金額が証明できると思います。
それと、家と土地の固定資産税は按分計上できるのでしょうか？（こちらは払込票を使って現金で支払っているため、残っているかどうか不安ではありますが…。）
Ｑ４．夫が私名義の口座に月５万円程度入金してくれているのですが、Ｑ２を証明するために私の通帳のコピーを示した場合、この月５万円が何かを疑われる要因になってしまいますか？
振込ではなく私の通帳を使って入金しているので、入金年月日と金額の他は「お預かり」としか印字されていません。
またたくさんお尋ねして申し訳ありません。
藁をもすがる思いなので、よろしくお願いいたします。

細部について心配されるよりも、以下の点について確認されておかれた方がよいです。
・事業の必要経費の中に家事費用（本来、家計から支出すべき費用）や私的な費用は含まれていないか。
・売上の計上もれはないか。請求ベースではなく、入金ベースで売上計上していないか。
一人親方でも様々な形態がございますが、収入に対する所得水準が低い点に目を付けられたのかもしれません。
ここで色々と投稿されるより、お近くの税理士事務所にて直接相談に行かれた方が良いと思います。

本件のような税務調査で税理士が介在しない場合には、調査官によっては「やりたい放題」に修正申告をとり、強引に重加算税を賦課してくることも予想されます。
しかし、税理士が立ち会って調査手法に違法性がないかをチェックすることによって、調査官は強引な調査をすることができず、落とし所を税理士と相談するようになります。
ご自分での対応が難しいと思われる場合には、信頼できる税理士さんを探して、調査の立会いと事前準備の相談をお願いされた方が宜しいと思います。

何度もアドバイスや回答を頂きまして、ありがとうございました。
地元に書類がなくても税務調査に対応してくれる税理士さんがいらっしゃるかどうか調べるところからスタートしてみます。