税務調査時に架空請求やキックバックなどの疑念をもたれますか？

書類としましては、甲と乙との業務委託契約書・納品書・請求書等、乙とＡとの業務委託契約書・納品書・請求書等が必要になりますが、それと共に、乙とＡの業務の実態の有無が調査されると思われます。
業務の実態がなく請求書だけが発行されているとか、キックバックされている場合には、問題視されることが考えられます。

服部先生へ
ご回答ありがとうございます。

御指摘のような各書類及び業務実態が確認できるような作業中の写真付きの報告書があれば、疑念を抱かれることなく(甲株式会社に指摘されずに)税務調査を終了することができるものでしょうか？

ご連絡ありがとうございます。
税務調査の内容に関する最終判断は担当する調査官の上司（統括官）が行いますので、私の方で結論を述べることはできませんが、業務の実態が確認できてその価額が妥当なものであれば、それ以上の調査に発展する可能性は低いのではないかと思われます。
ただし、甲社と乙社が同族関係であるなどの、税務署からみて疑問を感じる関係である場合には、具体的な取引内容や取引価額の根拠などの調査も行われることが考えられますのでご留意ください。
宜しくお願いします。

服部先生へ

度重なるご回答感謝致します。
とても参考になりました。
誠実に業務をしていても、少しの事で疑念をい抱かれる可能性があるなら・・・と気になってしまいました。

ありがとうございました。