高校生のバイトの源泉徴収額は、甲でいいのでしょうか

扶養控除等申告書が提出されていれば、所得税は甲蘭で控除することになります。

「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出させれば、源泉徴収額は甲でいいのでしょうか？

いいえ、二か所出していないかどうかを、確かめてください。
そのうえで、どちらを甲にするか？乙にするかを聞いてください。
面倒ですが・・・よろしくお願いします。